Margaret Tudor sinh ngày 28 tháng 11 năm 1489 tại Cung điện Westminster, và được rửa tội tại Nhà thờ Thánh Margaret, Westminster vào ngày 30 tháng 11 cùng năm, ngay dịp ngày lễ bổn mạng của Thánh Anrê Tông đồ. Bà được đặt theo tên của Margaret Beaufort, Bá tước phu nhân xứ Richmond và Derby, cũng là bà nội ruột của bà[1].

Tại Châu Âu vào lúc đó, con gái là tài sản chính trị quan trọng trong một thế giới ngoại giao, đặc biệt là trong một vương thất trị vì một vương quốc như nhà Tudor, do vậy hôn nhân của Margaret được chú trọng ngay từ rất sớm. Bởi vì không chỉ sớm tìm được một hôn nhân tử tế cho vị trí của một công chúa, mà việc sớm tìm kiếm này cũng xác định được những liên minh cần thiết có lợi trong tương lai.

Ngay trước khi Margaret được 6 tuổi, Vua Henry VII đã lên ý tưởng về một cuộc hôn nhân giữa Margaret và James IV, người hơn Margaret tới 16 tuổi vì Henry muốn tìm cách chấm dứt sự ủng hộ của triều đình Scotland đối với Perkin Warbeck - một người tự xưng là Richard, Công tước xứ York, con trai của Edward IV của Anh và Elizabeth Woodville. Nhà Tudor khi ấy đang rất yếu về mặt hợp pháp đối với ngai vàng nước Anh, và Vua Henry luôn tìm mọi cách để có được sự ủng hộ không chỉ tầng lớp quý tộc Anh, mà còn phải ở phương diện quốc tế, do đó tuy tuyên bố chỉ mới là "ý tưởng", nhưng đã sớm quyết định.

Vào ngày 30 tháng 9 năm 1497, ủy viên người Tây Ban Nha của Quốc vương James IV là Pedro de Ayala đã kết thúc một thỏa thuận ngừng bắn với Anh. Cuộc hôn nhân chính thức khởi động, Vua James vẫn chưa lập gia đình dù đã ở độ tuổi đôi mươi, và Công chúa Margaret chỉ 2 tháng nữa là tròn 8 tuổi[2].

Vào ngày 24 tháng 1 năm 1502, triều đình Scotland và Anh đã ký kết Hiệp ước Hòa bình vĩnh cửu, thỏa thuận nền hòa bình đầu tiên giữa hai Vương quốc trong hơn 170 năm. Hiệp ước hôn nhân được ký kết cùng ngày và được xem như một sự bảo đảm hài hoà cân đối, cũng là tiền đề của việc nhà Stuart có quyền trị vì nước Anh về sau. Nhà sử học người Ý là Polydore Vergil nói rằng, Nghị viện nước Anh đã phản đối kiến nghị này, với lý do lo sợ nhà Stuart của Scotland sẽ có quyền kế vị ngai vàng của Vương quốc Anh nếu công chúa Margaret trong tương lai sinh ra một vị Vua, một điều gây ra nguy cơ chính trị lớn.

Thế nhưng, Vua Henry VII khôn ngoan và sắc sảo trả lời:

"Sau đó thì sao? Nếu bất cứ điều gì xảy ra (và Chúa tránh được điềm báo), Ta dự đoán rằng Vương quốc của chúng ta sẽ không bị tổn hại gì, vì nước Anh sẽ không bị Scotland hấp thụ, mà là Scotland bởi Anh, là người đứng đầu cao nhất của toàn bộ hòn đảo, kể từ đó luôn luôn ít vinh quang và vinh dự hơn khi được tham gia vào điều còn lớn hơn nhiều. Giống như Normandy từng đến dưới sự cai trị và quyền lực của tổ tiên chúng ta là người Anh."[3]